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脳神経外科とは脳、脊髄、末梢神経などの神経系全般の疾患で主に手術治療の対象となる疾患を取り扱う診療科です。具体的には脳卒中、頭部外傷、脳腫瘍、先天奇形、機能的疾患（三叉神経痛、顔面麻痺、てんかんなど）、炎症性疾患、脊髄・脊椎疾患、一部の認知症などの疾患を治療します。
鹿児島市立病院は救命救急センターを有しており、脳神経外科も２４時間体制で救急疾患に対応しています。特に脳卒中に関しては以前から積極的に急性期治療を行っていますが、平成19年に脳卒中集中治療室（SCU、ストロークケアユニット）を開設し、平成20年度からは脳卒中センターを標榜して超急性期治療を行い、さらに機能を充実させています。
手術件数は年間３５０～４５０例で、脳動脈瘤、脳腫瘍、脳出血、頭部外傷、三叉神経痛、顔面痙攣などの一般的手術の他に、頭蓋底手術（平原部長）、血管内治療、先天性奇形（友杉部長待遇）、機能的脳神経外科（上津原院長）、下垂体腫瘍（石井科長）などの専門分野別手術も行い、病理部門を山田科長が担当しています。
外来は一般外来のほかに、頭痛・てんかんの専門外来を開設しています。
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